Молекул гэж тогтвортой, цахилгаан цэнэггүй, хүчтэй молекул (ковалент) холбоогоор тодорхой бүтэцтэй болгож холбогдсон хоёр буюу түүнээс дээш тооны атомыг хэлнэ. Органик хими, биохимийн шинжлэх ухаанд харин молекул гэсэн нэрийг цэнэгт органик молекул, биомолекул зэрэг өргөн хүрээнд хамруулдаг. Молекул-кинетик онолоор молекул гэсэн нэрийг найрлагаас нь үл хамааруулан ямар ч хийн бөөмд хэрэглэдэг. Энэхүү тодорхойлолтоор бол ганц атомт инертийн хийнүүд ч молекулд тооцогдоно.
Молекул нь ганц элементийн атомуудын холбоо (ж.нь. хүчилтөрөгч, O2) эсвэл өөр өөр элементийн атомуудын холбоо (ж.нь. ус, H2O) байж болно. Устөрөгчийн холбоо, ионы холбоо зэрэг ковалент биш холбоогоор холбогдсон атомуудыг ихэнхдээ молекулд тооцдоггүй.